Ngày 20/4/1957, Bệnh viện tiếp nhận bệnh nhân phong đầu tiên và được lấy làm ngày thành lập bệnh viện. Với nhiệm vụ là điều trị, chăm sóc và nuôi dưỡng người bệnh phong thuộc các tỉnh phía Bắc, bộ đội toàn quân, công nhân viên chức cả nước, làm nghĩa vụ quốc tế cho người bệnh phong các nước bạn Lào, Campuchia, các tỉnh giáp biên của Trung Quốc.

Mới đầu thành lập, Bệnh viện được đặt tên là Trại phong Quỳnh Lập, đến năm 1965 đổi tên thành Khu điều trị Phong Quỳnh Lập, 60 năm đã trải qua các thời kỳ lịch sử đáng ghi nhớ, từ năm 1957 đến năm 1964 nhà cửa khang trang, đường sá nội khu sạch đẹp, cơ sở vật chất được trang bị đầy đủ, bệnh nhân vào viện được nhân viên y tế chăm sóc chu đáo, nhiệt tình, có thể nói bệnh nhân từ cõi chết bỗng chốc được trở lại cuộc sống thiên đường.

Tiếp đến là thời kỳ chiến tranh ác liệt từ năm 1965 đến năm 1974, toàn bộ cơ sở vật chất mới được xây dựng bị sập đổ hoàn toàn sau một trận ném bom của đế quốc Mỹ, trên 200 bệnh nhân phong bị chết, số còn lại phải sống cảnh màn trời, chiếu đất. Sau đó phải hai lần đưa bệnh nhân đi sơ tán tại nơi rừng sâu, nước độc, cán bộ thầy thuốc, bệnh nhân cùng ăn, cùng ở, cùng làm dưới làn mưa bom, bão đạn của kẻ thù. Năm 1975 đến năm 1989, thời kỳ bao cấp chuyển sang hoạch toán kinh doanh, điều kiện kinh tế - xã hội chưa phát triển, kinh phí Nhà nước có hạn, thiên tai, bão lụt triền miên liên tục đe dọa, cơn bão số 7 ngày 16/8/1989 có gió mạnh trên cấp 12 đã xô đổ toàn bộ nhà cửa, cây cối, hoa màu, đường sá; giao thông bị thiệt hại, hư hỏng nặng nề, khó khăn chồng chất khó khăn, tưởng chừng như đơn vị không còn khả năng tồn tại.

Bộ Y tế, sự hỗ trợ, giúp đỡ của các tỉnh có bệnh nhân, sự quan tâm của các tổ chức trong và ngoài nước, sự cố gắng của tập thể lãnh đạo cùng viên chức, lao động nên cơ sở dần được khắc phục, nâng cấp về mọi mặt, đời sống của cán bộ và bệnh nhân được cải thiện, đi vào ổn định.

Tháng 10 năm 2000, Bệnh viện được đổi tên thành Bệnh viện Phong - Da liễu Quỳnh Lập.